« [...] De facto, um documento do século XVIII, depois de afirmar que o Convento dos Cónegos Regrantes "sempre se esmerou em ter o melhor órgão de Portugal", acrescenta que o instrumento fabricado (sobre o que restava de um primitivo órgão de Portugal", acrescenta que o instrumento fabricado (sobre o restava de um primitivo órgão do século XVI) pelo insigne mestre Manuel Benito Gomes de Herrera, entre 1719 e 1724, "é sem dúvida o melhor de toda a Espanha". O autor do memorial, o mestre de capela e organista Dionísio da Glória, classifica o órgão como "um monstro de harmonia da Europa, incluindo os de Hamburgo, de Pádua, de Trento e de Palência.

Após a saída dos cónegos regrantes do seu mosteiro em 1834 e da entrega da igreja, vinte anos depois, para servir de paroquial, o órgão, pelo pouco uso, foi-se degradando. Em 1867 foi aberto um concurso para o seu restauro, que acabou por ser entregue a um organeiro do Porto, cujo trabalho não conseguiu fazer regressar o instrumento ao seu antigo esplendor. Nas décadas seguintes a utilização do órgão foi-se tornando cada vez mais rara, acabando este por quase emudecer; e praticamente mudo chegou ao nosso tempo.

Em boa hora um grupo dinamizado pelo então prior de Santa Cruz, cónego José Bento Vieira, propôs-se, nos anos 90, dar os passos necessários para que aquele que no século XVIII era considerado "o melhor órgão de Portugal" voltasse a ressoar no templo dos antigos crúzios. Depois de várias tentativas, de sucessivos contactos e de diversos pedidos, o Ministério da Cultura, através do IPPAR, decidiu financiar o restauro levado a cabo, entre 2004 e 2008, pela Oficina e Escola de Organaria de Pedro Guimarães e Beate von Rodhen, que se propôs recuperar completamente o instrumento, fazendo-o regressar ao nível harmónico de 1724. [...]»